Yuki Saito

Pharmacology × Immunology × Data Science

Yuki Saito


静岡県立大学薬学部 免疫微生物学分野で、腸管免疫、神経免疫、腸内細菌叢、orphan GPCRを軸に研究しています。深層学習を組み合わせたドッキングシミュレーション、公開single-cell RNA-seqデータの再解析、QIIME2 / PICRUSt2による予測メタゲノム解析に加え、細胞アッセイや遺伝子改変マウスを用いた実験にも取り組んできました。将来的には製薬企業で、実験研究とデータ解析をつなぎ、創薬・臨床薬理領域に貢献したいと考えています。

/ Research Path

My academic focus, current research methods, and future direction in pharmaceutical R&D.

Research Focus

Faculty of Pharmaceutical Sciences

University of Shizuoka

免疫微生物学分野で、腸管蠕動運動、神経免疫、腸内細菌叢、orphan GPCRをテーマに研究しています。実験系と計算解析を組み合わせ、薬学的な問いを多面的に検証しています。

PharmacologyImmunologyGPCR Biology
Current Work

Data-driven Analysis

In Silico Research

Pythonを用いたドッキングシミュレーション、single-cell RNA-seq再解析、腸内細菌叢データ解析に取り組んでいます。再現性を意識し、解析パイプラインを公開できる形で整理しています。

PythonScanpyQIIME2PICRUSt2
Future Goal

Pharmaceutical R&D

Career Interest

製薬企業で、基礎研究と臨床応用をデータサイエンスでつなぐ研究開発に携わりたいと考えています。創薬標的の理解、薬効評価、患者QOLの向上に貢献することを目指しています。

Drug DiscoveryClinical PharmacologyData Science

/ Featured Research

Research projects connecting pharmacology, immunology, microbiome analysis, and computational biology.

GPR20 Functional Analysis
Pharmacology Research

GPR20 Functional Analysis

深層学習を統合したドッキングシミュレーションによりGPR20の候補リガンドを探索し、腸管蠕動運動における生理機能の解明を目指しています。

Python PyMOL Docking Simulation GPCR Assay
single-cell RNA-seq Reanalysis
Immunology Data Analysis

single-cell RNA-seq Reanalysis

公開single-cell RNA-seqデータを再解析し、炎症環境における樹状細胞サブセットの特徴やdiffusion-based pseudotimeによる状態変化を評価しました。

Python Scanpy UMAP Pseudotime
Fermented Rice Bran Microbiome Analysis
Microbiome Analysis

Fermented Rice Bran Microbiome Analysis

発酵米ぬかに関する腸内細菌叢データをQIIME2とPICRUSt2で解析し、菌叢構造、予測メタゲノム、統計解析から有用な現象や特徴的な菌種の同定を進めています。

Python QIIME2 PICRUSt2 Microbiome

/ Research Skills

Methods and tools used across wet lab research, bioinformatics, and data-driven pharmacology.

Expert
Proficient
Beginner

Data Science

Python
Statistics
Machine Learning
GitHub

Bioinformatics

single-cell RNA-seq
Scanpy
QIIME2
PICRUSt2

Pharmacology

Docking Simulation
PyMOL
GPCR Assay
Pharmacology

Wet Lab

Immunology
Immunohistochemistry
Cell Assay
Transgenic Mice

/ Contact

For research discussions, collaboration, or pharmaceutical R&D opportunities, please reach out.